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A minaccia principale per i boschi di Madrean Pine-Oak Woodlands hè a splutazioni. A splutazioni di pini è, à pocu pressu, di querce per u legnu hà aumentatu, in certi lochi diventendu indiscriminati. Inoltre, parechji prudutti forestali chì ùn sò micca legnu sò ancu usati insostenibile. Per esempiu, l'epifita vascular (usneoides Tillandsia) hè estratta per scopi ornamentali di Natale in Messico, è una grande varietà di funghi in boschi di pinu-quercia, cumprese spezie in i generi. amanitaLeccinumrussula, e boletus, sò cullati per l'usu culinariu.

U focu hè in parte un prucessu naturali in questu ecosistema, ma a brusgia intenzionale per favurizà a rigenerazione di germogli freschi per u pastore di u bestiame o per sbulicà a terra per scopi agriculi altera l'abitati in tutta a regione. In u sudu di l'Arizona, 90 anni di suppressione di u focu da l'agenzii federali è statali è a mudificazione di i carburanti da pasture è altre cause, hà purtatu à i boschi di coniferu à altitudini più elevate chì cambianu da u pinu ponderosa (più ponderosa).pinu ponderosa) à stands densi di coniferi misti.

A natura frammentata di u hotspot rende difficiule d'arrivà à una stima affidativa di a quantità di vegetazione originale chì resta intacta. I fureste di pinu-quercia coprenu una volta circa 21 per centu di u Messicu, ma questi boschi rimanenti ùn coprenu micca più di circa 8 per centu. Tali stimi, in ogni modu, ùn ponu micca cuntà i stands chì sò stati affettati da u focu è u pastura eccessiva, è cusì pare raghjone d'aspittà chì micca più di circa 20 per centu di a vegetazione originale di u hotspot pò esse cunsideratu pristine.